先のエントリのコメントでetsuさんが仰っていたようにモータにコンデンサを取り付けたところノイズが大幅に減少しました。
今まで電源に乗るノイズが問題だからFET出力部にコンデンサ付けとけば良いと思ったていましたが間違っていました。モータからは電磁波もたくさん放出されるようです。
モータ缶にもコンデンサ取り付けるようにします。